هي إدارة عامة بالوادي والصحراء تابعة لوزارة الأوقاف والإرشاد وهي تمارس كافة اختصاصات الوزارة في الإصدار الجغرافي للوادي والصحراء سواء في الجوانب الإرشادية من الاهتمام بشؤون المساجد بشكل عام التي لها أوقاف والتي ليس لها أوقاف وكذا المتابعة في إصدار التراخيص اللازمة لبناء هذه المساجد والصرف عليها لمحتاجاتها الأساسية واليومية والتأكد من سلامة منهج المسجد لتأدية رسالته المناط به على أكمل وجه .
والجزء الآخر من الاختصاص هو موضوع الوقف وتتمثل مهمة الإدارة في حفظ الوقف ورعايته واستثماره وتوظيفه للتنمية الشاملة وبالطرق التي حددها قانون الوقف الشرعي .